PMF por MALDI-TOF

Pechar

Identificación de proteínas por espectrometría de masas mediante pegada dactilar peptídica (PMF “peptide mass fingerprinting”), usando o espectrómetro de masas Maldi- TOF/ TOF (Ultraflex III TOF/ TOF de Bruker), posteriormente á súa dixestión tríptica.

A partir de proteínas en solución ou en xel, realízase un proceso de redución e  carbamidometilación continuado dunha dixestión encimática con  tripsina (enzima que rompe especificamente polas  lisinas e  arxininas, se non van seguidas dunha prolina), para obter os seus péptidos.

O dixerido tríptico analízase pola técnica  MALDI-TOF da que se obtén a relación  m/z dos  péptidos xerados na dixestión, o que determinará a pegada dactilar peptídica desa proteína (PMF). Estas masas experimentais serán comparadas coas masas teóricas existentes nas bases de datos e a súa correlación dará lugar a unha identificación, empregando  un motor de busca (PEAKS, MASCOT).

Cando a identificación por análise  PMF falle, realízase unha análise mediante a técnica  MALDI- TOF/ TOF. Deste xeito obterase identificación de proteínas mediante os espectros de fragmentación dalgunhas das masas dos  péptidos obtidos, e a súa correlación coas bases de datos existentes.

As proteínas de baixo peso molecular (<20  KDa) poden ser difíciles de identificar, debido ao baixo número de  péptidos que se obteñen da súa dixestión.

Instrumentación: ULTRAFLEX III TOF/TOF (BRUKER)