PMF por MALDI-TOF

Pechar

A partir de proteínas en solución, o en gel, se realiza un proceso de reducción y carbamidometilación continuado de una digestión enzimática con tripsina (enzima que rompe específicamente por las lisinas y argininas, si no van seguidas de una prolina), para obtener sus péptidos.

El digerido tríptico se analiza por la técnica MALDI-TOF de la que se obtiene la relación m/z de los péptidos generados en la digestión, lo que determinará la huella dactilar peptídica de esa proteína (PMF). Estas masas experimentales serán comparadas con las masas teóricas existentes en las bases de datos y su correlación dará lugar la una identificación, empleando un motor de búsqueda (PEAKS, MASCOT).

Cuando la identificación por análisis PMF falle, se realiza un análisis mediante la técnica MALDI- TOF/ TOF. De este modo, se obtendrá la identificación de proteínas mediante los espectros de fragmentación de algunas de las masas de los péptidos obtenidos y su correlación con las bases de datos existentes.

Las proteínas de bajo peso molecular (<20  KDa) pueden ser difíciles de identificar, debido al bajo número de péptidos que se obtienen de su digestión.