A devandita institución tivo como sede a denominada Casa da Inquisición, situada no solar que actualmente ocupa o Hotel Compostela na praza de Galicia. A pesar da demanda existente de estudos relacionados co medicamento, neses seis anos de funcionamento o Colexio de San Carlos non chegou a consolidarse.
En 1857, como consecuencia dunha nova Lei de Instrución Pública creouse a Facultade de Farmacia de Santiago, sumándose así ás tres que nos anos anteriores se foran abrindo en España: Madrid, Barcelona e Granada. Deste xeito, a Universidade de Santiago de Compostela pasou a ter estudos específicos para os futuros farmacéuticos.
A nova Facultade situouse no Colexio de Fonseca, centro da Universidade compostelá desde o século XVI até mediados do XVIII. O edificio foi compartido con Medicina ata que esta licenciatura se trasladou a un novo edificio na rúa de San Francisco en 1928. Ambas as dúas ensinanzas, Farmacia e Medicina, sempre estiveron moi relacionadas, compartindo aulas e laboratorios.
Foi en Fonseca, palacio renacentista de enorme beleza, onde comezou a desenvolverse a Facultade de Farmacia, cátedra a cátedra, profesor a profesor. Algúns novos profesores incorporábanse á facultade compostelá procedentes das outras facultades de Farmacia españolas, dispostos a desenvolver as súas investigacións nos seus pequenos laboratorios, vencendo toda clase de dificultades materiais. Outros, os denominados "catedráticos de ida e volta", utilizaron a facultade como "ponte" para chegar a outro destino máis apetecible, como Madrid ou Barcelona, permanecendo en Santiago nalgún casos apenas un mes.
A pesar de contar con dependencias pouco apropiadas para a vida académica, o empeño dos que alí traballaban fixo posible que xa no comezo do século XX se publicasen os primeiros traballos científicos realizados na Facultade de Farmacia de Santiago.
En Fonseca, no verán de 1936, creouse o Laboratorio de Farmacia Militar do Exército do Norte, cando tras o estoupido da Guerra Civil quedaron suspendidas as actividades docentes durante tres longos e penosos anos. E os seus muros de pedra viron regresar aos profesores e alumnos –non a todos, por unhas ou outras razóns– nun novo marco político e social, no que recuperar o nivel académico e científico anterior á guerra custou non pouco esforzo.
O empeño e o traballo de homes e mulleres de ciencia consolidaron unha Facultade que en 1971 deixou «triste e soa a Fonseca» para crecer nun novo e moderno edificio do Campus Sur. Alí a matrícula de alumnos, de diversos lugares de procedencia, experimentou un crecemento moi significativo e achegou o empuxe necesario para facer da Facultade de Farmacia de Santiago a institución de prestixio que é na actualidade.