Esta institución tuvo cómo sede la denominada Casa de la Inquisición, situada en el solar que actualmente ocupa el Hotel Compostela en la plaza de Galicia. A pesar de la demanda existente de estudios relacionados con el medicamento, en esos seis años de funcionamiento el Colegio de San Carlos no llegó a consolidarse.
En 1857, a consecuencia de una nueva Ley de Instrucción Pública, se creó la Facultad de Farmacia de Santiago que se sumó así a las tres que, en años anteriores, se fueran abriendo en España: Madrid, Barcelona y Granada. De este modo, la Universidad de Santiago de Compostela pasó a tener estudios específicos para los futuros farmacéuticos.
La nueva Facultad se situó en el Colegio de Fonseca, centro de la Universidad compostelana desde el siglo XVI hasta mediados del XVIII. El edificio fue compartido con Medicina hasta que su enseñanza se trasladó a un nuevo edificio en la calle de San Francisco en 1928. Ambas enseñanzas, Farmacia y Medicina, siempre estuvieron muy relacionadas, compartiendo aulas y laboratorios.
Fue en Fonseca, palacio renacentista de enorme belleza, donde comenzó a desarrollarse la Facultad de Farmacia, cátedra a cátedra, profesor a profesor. Algunos nuevos profesores se incorporaban a la facultad compostelana procedentes de las otras facultades de Farmacia españolas, dispuestos a desarrollar sus investigaciones en sus pequeños laboratorios, venciendo toda clase de dificultades materiales. Otros, los denominados "catedráticos de ida y vuelta", utilizaron la facultad como "puente" para llegar a otro destino más apetecible, como Madrid o Barcelona, permaneciendo en Santiago en algunos casos apenas un mes.
A pesar de contar con dependencias poco apropiadas para la vida académica, el empeño de los que allí trabajaban hizo posible que ya en el comienzo del siglo XX se publicaran los primeros trabajos científicos realizados en la Facultad de Farmacia de Santiago.
En Fonseca, en verano de 1936, se creó el Laboratorio de Farmacia Militar del Ejército del Norte, cuando tras la explosión de la Guerra Civil quedaron suspendidas las actividades docentes durante tres largos y penosos años. Y sus muros de piedra vieron regresar a los profesores y alumnos –no a todos, por unas u otras razones– en un nuevo marco político y social, en el que recuperar el nivel académico y científico anterior a la guerra costó no poco esfuerzo.
El empeño y el trabajo de hombres y mujeres de ciencia consolidaron una Facultad que en 1971 dejó «triste y sola a Fonseca» para crecer en el nuevo y moderno edificio del Campus Sur. Allí la matrícula de alumnos, de diversos lugares de origen, experimentó un crecimiento muy significativo y aportó el empuje necesario para hacer de la Facultad de Farmacia de Santiago la institución de prestigio que es en la actualidad.