A Unidade de Xenómica Funcional oferta a plataforma de microarrays de Agilent Technologies, un dos sistemas máis avanzados de microarrays que proporciona unha metodoloxía de alta calidade e moi reproducible. A plataforma de microarrays de Agilent ofrece unha extensa gama de aplicacións para satisfacer todas as necesidades dos investigadores: Microarrays de Expresión Xénica, Microarrays de Hibridación Genómica Comparativa (oligo aCGH), Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-on-chip), Análises de variantes de splicing (SpliceArray), Metilación do ADN (Arrays de illas CpG) e análises de MicroARNs (miARNs).
-
Ademais da ampla gama de microarrays predeseñados, a plataforma Agilent permite a síntese de calquera tipo de microarray, abrindo múltiples posibilidades para o estudo de calquera organismo e secuencia: Custom Microarrays.
O usuario pode deseñar o seu propio array a través do software de balde e vía web eArray 5.0., e enviar o deseño a través da web a Agilent para a súa fabricación.
Permite o deseño de microarrays para a expresión xénica, aCGH o ChIP-on-chip.
Outra das vantaxes da plataforma de Agilent é a posibilidade de escoller 4 formatos diferentes con diferente densidade, entre eles os formatos multiplex, nos que se sintetizan 2, 4 ou 8 arrays idénticos no mesmo portaobxectos, que posibilitan a análise simultánea de varias mostras.
A unidade pon a disposición dos usuarios o equipamento e persoal necesario para os arrays de expresión de Agilent.
Para outras aplicacións consultar na unidade.
-
Servizo Control de calidade (QC) de mostras de ARN
O bioanalizador 2100 Bioanalyzer de Agilent Technologies é un estándar na industria para control de calidade de mostras de ARN e substituíu a técnica de análises por electroforese en xel para esta aplicación e para mostras de fragmentos de ADN e de proteínas SDS-PAGE.
O software calcula a concentración do ARN e dous parámetros numéricos que indican a integridade do ARN: a relación entre os ARN ribosómicos 28S e18S (28S/18S) e o número RIN (RNA Integrity number). O parámetro RIN foi introducido por Agilent Technologies co fin de estandarizar o proceso de interpretación da integridade do ARN e eliminar o nesgo asociado á interpretación individual.
Servizo de Expresión Tecnoloxía Agilent
Ponse á disposición dos usuarios o equipamento e persoal necesario para levar a cabo calquera dos seguintes pasos:
- Reactivos e protocolos de marcaxe, hibridación e lavado de Agilent Technologies.
- Escaneo de microarrays con Agilent G2565BA
- Análise de imaxe e cuantificación de datos de fluorescencia co Software Feature Extraction vs. 9.5.
- Preprocesamento e normalización dos datos
Así mesmo, a Unidade proporciona soporte e orientación para a análise estatística de resultados.
Os protocolos para o procesado das mostras polos usuarios deben ser os descritos nos manuais de Agilent e as mostras deben enviarse ao laboratorio da Unidade segundo as instrucións descritas no protocolo de envío de mostras.
O usuario pode seleccionar o array máis axeitado para o seu proxecto dentro dos arrays ofertados no Catálogo de Arrays .
Respecto ao tipo de marcaxe, a plataforma de Agilent permite escoller entre dous tipos: 1) marcaxe de dúas cores (Cy-5-Cy-3), na que a mostra experimental marcase cun fluorocromo e a mostra de referencia ou control marcase con outro e ambas mostras se hibridan no mesmo microarray; 2) marcaxe dunha cor (Cy-3), na que todas as mostras se marcan co fluorocromo Cy-3 e se hibridan o experimental e o control en distintos microarrays do mesmo portaobxectos.
-
Plataforma de Secuenciación e Xenómica Funcional
- Edificio de Apoio á Investigación (CACTUS)
- Rúa de Constantino Candeira, 1. Campus Vida , 15782Santiago de Compostela