Servizos da plataforma de servizos xenéticos e xenómicos
* Para obter máis información, pódense consultar as FICHAS descritivas de cada servizo no pdf.
-
Extracción de ADN [FICHA 1]
- Extracción de ácidos nucleicos_ADN xenómico alta calidade (cloruro de sodio (NaCl))
- Extracción de ácidos nucleicos_ADN (resina de Chelex)
- Extracción de ácidos nucleicos_ADN moluscos, plantas (kits específicos)
Extracción de ARN [FICHA 1]
- Extracción de ácido nucleico_ARN ( trizol +Tratamento DNase I)
Doble extracción ADN e ARN [FICHA 1]
Extracción dobre ADN e ARN
Cuantificación do ADN ou ARN [FICHA 2]
- Espectrofotométrica de ácidos nucleicos mediante espectrofotómetro NanoDrop
- Fluorométrica de ácidos nucleicos con Qubit 2.0
- Bioanalizador Agilent
- Dilución e axustes do ADN
-
PCR singleplex [FICHA 3]
PCR multiplex [FICHA 3]
-
Secuenciación Sanger [FICHA 4]
- Purificación produto PCR
- Reacción de Secuenciación Sanger a partir de produtos PCR purificados e electroforese de secuencias en Secuenciador Capilar 3500XL (Applied Biosystems)
- Electroforese de secuencias
- Asesoramento e análise de datos
Análise de fragmentos [FICHA 4]
- Dilución de produto a analizar
- Análise de fragmentos en Secuenciador Capilar 3500XL (Applied Biosystems): MICROSATÉLITES, SNPs, AFLPs
- Electroforese de secuencias
- Asesoramento e análise de datos
-
Xenotipado con microsatélites (Sanger) [FICHA 5]
- Extracción de ADN
- Análise cuantitativo e cualitativo do ADN
- Realización da PCR para a amplificación dos marcadores moleculares (PCR singleplex ou multiplex)
- Análise dos fragmentos xerados na PCR (amplicóns) no secuenciador automático ABI 3500xl DNA Analyzer (Applied Biosystems)
- Entrega dos datos sen analizar segundo saen do secuenciador (archivos .fsa) para análise por parte dos clientes (datos crudos)
- Asesoramento e análise de datos
- Deseño de ferramenta de xenotipado con microsatélites para novas especies
Xenotipado con SNPs (Plataforma MassArray) [FICHA 6]
- Extracción de ácidos nucleicos_ADN xenómico.
- Xenotipado 384 reacciones (+ € por SNP analizado).
- Análise de datos.
Xenotipado con array de SNPs (Plataforma Axiom) [FICHA 7]
- Extracción de ácidos nucleicos_ADN xenómico
- Xenotipado con chip de SNPs de diferente densidade (5K, 10K,60K...) para xenotipado de distintas especies
- Análise de datos
-
Secuenciación xenoma [FICHA 8]
- Whole Genome Sequencing
Secuenciación librerías ADN: RADseq [FICHA 9]
- Posta a punto librería 2bRAD
- Construción de librerías 2bRAD (inclúe extracción de ADN, controles e axustes de calidade)
- Construción de librerías 2bRAD (sin ext. do ADN e coa entrega de ADN nas condicións requeridas)
- Carrera de NextSeq® 500/550 High Output Kit v2.5 (75 cycles)
- Análise de datos
Secuenciación librerías ADN: ATACseq [FICHA 10]
Secuenciación librerías ADN: ChIPseq [FICHA 11]
Secuenciación librerías ADN: metiloma [FICHA 12]
Secuenciación metaxenómica: Secuenciación 16S rRNA bacteriano/ ITS fungos [FICHA 13]
- Extracción do ADN, control da calidade e cantidade do ADN, PCRs amplificación 16S/hongos. Construción de librerías de amplicóns (16S/hongos) e secuenciación RUN illumina MiSeq 2x300pb
- Anotación taxonómica de amplicóns
- Análisis comparado de amplicóns
Secuenciación transcriptoma: mRNA-SEQ [FICHA 14]
Secuenciación de células individuais (single cell) [FICHA 15]
-
Determinación xenética do sexo [FICHA 16]
Análisis de detección de triploidía [FICHA 17]
PCR cuantitativa en tempo real_PCR-Q [FICHA 18]
cDNA síntesis [FICHA 19]
-
Plataforma de Servizos Xenéticos e Xenómicos
- Facultade de Veterinaria
- Avda. Carballo Calero s/n, 27002Lugo
- 982822427
- 982822234
- monicaafrica.otero@usc.es