Créditos ECTS Créditos ECTS: 6
Horas ECTS Criterios/Memorias Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 33 Clase Interactiva: 15 Total: 51
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Grao RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
Áreas: Xenética
Centro Facultade de Ciencias
Convocatoria: Primeiro semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable
- Coñecemento e comprensión das tecnoloxías de análise xenómica e das xeramentas bioinformáticas así como das súas aplicacións en distintos ámbitos da sociedade, no eido da biomedicina, na mellora xenética na agricultura e a gandaría, así como na conservación e xestión de recursos xenéticos.
BLOQUE 0: PRESENTACIÓN DA MATERIA (1 hora)
1.CONTIDOS TEÓRICOS (36 horas)
Temario clases expositivas (33 horas): Análise Xenóm. e Bioinf.
BLOQUE 1: ANÁLISE XENÓMICA (14 horas)
Tema 1: Análise xenómica estrutural. Fragmentación dos xenomas. Illamento de cromosomas. Secuenciación e ensamblado de xenomas, de Sanger ás tecnoloxías NGS (Next Generation Sequencing).
Tema 2: Mapas físicos e mapas xenéticos. Marcadores xenéticos. Xenotipado por secuenciación (GBS). Mapas de alta resolución e análise de loci asociados a caracteres cuantitativos (QTLs). Análise de asociación xenómica (GWAS). Xenómica comparada.
Tema 3: Xenómica funcional. Transcriptómica: Microarrays. RNAseq. Metaxenómica. Proteómica. Regulómica.
BLOQUE 2: BIOINFORMÁTICA (13 horas)
Tema 4: Bioinformática e bases de datos. Xestión e anotación funcional de secuencias xenómicas e transcriptómicas. Predición de xenes.
Tema 5: Aliñamento de secuencias e análise filoxenéticas. Minería xenómica. Xenómica poboacional e evolutiva.
BLOQUE 3: APLICACIÓNS DA XENÓMICA (6 horas)
Tema 6: Análise xenómica aplicado á Biomedicina. Medicina de precisión.
Tema 7: Aplicacións da análise xenómica en agroganadería. Análise de rasgos de interese produtivo e evolutivo. Selección asistida por marcadores. Selección xenómica. Edición xenética aplicada á produción.
Tema 8: Aplicación á conservación e xestión de recursos xenéticos. Caracterización de unidades de conservación e xestión. Análise xenómica de variabilidade adaptativa.
Seminarios (3 horas)
Sem. An. Xen. Bio. 1. Cuestións e problemas relativos ao Bloque 1.
Sem. An. Xen. Bio. 2. Cuestións e problemas relativos ao Bloque 2.
Sem. An. Xen. Bio. 3. Cuestións e problemas relativos ao Bloque 3.
2. CONTIDOS PRÁCTICOS (15 horas)
Clases prácticas (12 horas)
P A Xe Bio Lab F Vet 1 (3 horas). Secuenciación de ADN mediante tecnoloxía Sanger.
P A Xe Bio Lab F AI2 2 (3 horas). Obtención de datos de interese en bases de datos públicas. Xestión e aliñamento múltiple de secuencias (AMS) nucleotídicas.
P A Xe Bio Lab F AI2 3 (3 horas). Análise filoxenéticos de secuencias nucleotídicas.
P A Xe Bio Lab F AI2 4 (3 horas). Introdución á xestión de datos obtidos en plataformas de secuenciación de nova xeración.
Tutorías en grupo reducido (3 horas)
Tit. An. Xen. Bio. Realizaranse actividades en grupo reducido (3-4) centrados en cada un dos tres bloques de teoría.
BIBLIOGRAFÍA BÁSICA
Brown T.A. 2023. Genomes. 5ª Edición. Taylor & Francis Group.
Brown T.A. 2008. Genomas. 3ª Edición. Editorial Médica Panamericana. Buenos Aires.
Gallego J. & Fernández A. 2019. Genómica y Proteómica. Editorial Síntesis. Madrid.
Lesk A.M. 2017. Introduction to genomics. 3ª Edición. Oxford University Press, Oxford.
Lesk A.M. 2019. Introduction to Bioinformatics. 5ª Edición. Oxford University Press, Oxford.
Pierce B.A. 2019. Genetics: a conceptual approach. 7th Ed. WH Freeman.
BIBLIOGRAFÍA COMPLEMENTARIA
Brown S.M. 2013. Next-Generation DNA Sequencing Informatics, 2nd Edition. CSH-Press.
Barnes M.R. 2007. Bioinformatics for Geneticists: A Bioinformatics Primer for the Analysis of Genetic Data, 2nd Edition. Ed. Wiley-Blackwell.
Marco D. 2011. Metagenomics: Current Innovations and Future Trends. Ed. Caister Academic Press
Poptsova M.S. 2014.Genome Analysis: Current Procedures and Applications. Caister Academic Press
Coñecementos:
Con 7: Coñecer e interpretar a estrutura, organización, transmisión, expresión, regulación e evolución do material xenético.
Habilidades/destrezas:
H/D05: Utilizar as técnicas adecuadas para o estudo da estrutura e función xénica para o desenvolvemento de aplicacións biotecnolóxicas.
H/D06: Analizar e avaliar de forma crítica os marcadores xenéticos, moleculares e bioquímicos asociados ás diferentes patoloxías.
H/D09: Interpretar a información das principais bases de datos biolóxicos (xenómicos, transcriptómicos, proteómicos, metabolómicos, etc.) e datos bibliográficos, utilizando as ferramentas bioinformáticas básicas.
Competencias
Comp01: Desenvolver a capacidade de organizar e planificar adecuadamente o traballo, partindo dunha síntese e análise que permitan tomar decisións.
Comp04: Actuar con profesionalidade por principios éticos, de rigor científico e de desenvolvemento sustentable.
- Clases expositivas ou maxistrais (33 horas): trataranse os contidos do programa empregando presentacións audiovisuais, coa axuda de anotacións no encerado.
- Seminarios (3 horas): O/a profesor/a proporcionará, por medio do Campus virtual e coa antelación suficiente, boletíns con cuestións e problemas non resoltos relacionados cos contidos do programa. Os/ as estudantes tentarán resolver os boletíns antes das sesións e de maneira autónoma para calibrar os seus progresos na materia. Nos seminarios, o/a profesor/a abordará as dúbidas expostas polos/ as estudantes.
- Prácticas (12 horas): tratarase experimentalmente, tanto con traballo en laboratorio como bioinformático, métodos de análise xenómica que complementarán os conceptos desenvolvidos nas clases teóricas. Incluirán unha introdución á práctica e guións específicos que detallen os procedementos para desenvolver en cada sesión baixo a supervisión do profesor/a. Ao finalizar as mesmas os/as estudantes discutirán co/a profesor/aos resultados obtidos para dar resposta e entrega ás preguntas expostas no guion. Os/as estudantes traballarán en parella no laboratorio e de xeito individual nas aulas informáticas.
- Titorías en grupo reducido (3 horas): realizaranse traballos en grupo (3-4 estudantes) de diferentes estudos punteiros no eido da xenómica, onde os/as estudantes deberán extraer as principais metodoloxías utilizadas, os resultados obtidos e as principais conclusións. Utilizaranse as horas presenciais para a discusión entre os diferentes grupos dos seus estudos, para reforzar os conceptos desenvolvidos nas clases de teoría.
- Utilizarase de forma continuada como apoio á docencia o Campus Virtual da USC.
Lémbrase ao alumnado que tal e como recolle o Artigo 16 da Normativa de Avaliación do Rendemento académico dous estudantes e de revisión de cualificacións, aprobada en Consello de Goberno do 15 de xuño de 2011, “A realización fraudulenta dalgún exercicio ou proba exixida na avaliación dunha materia implicará a cualificación de suspenso na convocatoria correspondente, con independencia do proceso disciplinario que se poida seguir contra o alumno infractor. Considerarse fraudulenta, entre outras, a realización de traballos plaxiados ou obtidos de fontes accesibles ao público sen reelaboración ou reinterpretación e sen citas aos autores e das fontes.”
A cualificación final será unha media ponderada das cualificacións obtidas polos/ as estudantes nas diferentes actividades docentes avaliables de acordo co seguinte baremo:
- Exame teórico, representa o 70% da cualificación final (se o/a estudante aprobou o exame). Exame único presencial na data asignada polo Centro ao comezo do Curso Académico. Consistirá en contestar a preguntas tipo test e/ou preguntas que requirirán respostas de maior ou menor extensión e na resolución de problemas sobre os contidos teóricos impartidos. Actividade avaliable obrigatoria.
Competencias avaliadas: Con7, H/D05, H/D06, H/D09, Comp01
- Clases prácticas, representan o 25% da cualificación final. Puntuarase a asistencia, actitude e contestación ás preguntas dos guións de práctica. Actividade avaliable non obrigatoria.
Competencias avaliadas: Con7, H/D05, H/D06, H/D09, Comp01, Comp04
- Titorías en grupo reducido, o traballo realizado representa o 5% da cualificación final. Valoraranse aspectos como a calidade da información extraída, a capacidade de síntese e a participación en clase. Actividade avaliable non obrigatoria.
Competencias avaliadas: Con7, H/D06, H/D09, Comp01, Comp04
NOTAS ACLARATORIAS:
BAREMO: Para superar a materia débese obter unha nota media mínima de 5,0 puntos (escala de 0 a 10) no exame teórico. Unha vez superado o exame (que representa o 70 % da cualificación final), á súa cualificación sumaránselle as obtidas nas restantes actividades da materia coa ponderación descrita. En caso de non alcanzar 5,0 puntos no exame teórico, a cualificación final será só a obtida no exame teórico.
PRÁCTICAS: É obrigatoria a súa asistencia para aprobar a materia.
CAMBIOS DE GRUPO: Nas prácticas, titorías e seminarios, poderanse realizar cambios de grupo sempre que se atope a outro/a estudante doutro grupo co que cambiarse. Devanditos cambios deberán ser comunicados previamente por e-mail ao profesor/a responsable da actividade.
FECHAS DE EXÁMENES: Non se realizarán exames en datas alternativas ás oficiais.
AVALIACIÓN SEGUNDA CONVOCATORIA: Os/as estudantes deberán realizar o exame, similar o da 1ª convocatoria. Conservaranse as cualificacións obtidas nas restantes actividades da materia.
DISPENSA DE ASISTENCIA A CLASE: será de aplicación para aqueles alumnos/as aos/as que se lles concedeu tras solicitala segundo indica a instrución nº 1/2017 da Secretaría Xeral.
A materia consta de 6 créditos ECTS. O número total de horas de traballo do estudante é de 150 horas, das que o 36,6% son presenciais e o 63,4% son horas de traballo autónomo do/a estudante (non presencial). A distribución detallada do tempo de traballo do/a estudante é a seguinte:
Traballo presencial na aula: 55 h
- Clases maxistrais: 33 h
- Seminarios: 3 h
- Prácticas: 12 h
- Titorías en grupo reducido: 3 h
- Realización de exames e revisión: 4 h
Traballo persoal do/a estudante: 95 h
- Estudo individual: 84 h
- Elaboración de traballos: 11h
Recoméndase a asistencia a todas as actividades e expor as dúbidas durante o desenvolvemento destas.
Estudo continuo baseado na comprensión dos conceptos.
Profundar nos contidos presentados nas clases de teoría utilizando a bibliografía recomendada.
Empregar as titorías para resolver dúbidas ou cuestións.
Estará operativa unha aula virtual na plataforma Moodle ao dispor dos/as estudantes e canles de comunicación directa a través de MS- teams.
INFORMACIÓN RELEVANTE: Lémbrase que todo o material que o profesorado deixa na aula virtual da materia está suxeito a dereitos de autor, por tanto, o seu uso fóra deste espazo considerarase fraudulento ao incumprir as condicións de uso.
Adrian Casanova Chiclana
- Departamento
- Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
- Área
- Xenética
- Correo electrónico
- adrian.casanova [at] usc.es
- Categoría
- Posdoutoral USC_Campus Terra
Manuel Vera Rodriguez
Coordinador/a- Departamento
- Zooloxía, Xenética e Antropoloxía Física
- Área
- Xenética
- Teléfono
- 982822426
- Correo electrónico
- manuel.vera [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
| Venres | |||
|---|---|---|---|
| 10:00-11:00 | Grupo /CLE_01 | Castelán | 2P AULA 4 SEGUNDA PLANTA |
| 10.01.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | 2P AULA 2 SEGUNDA PLANTA |
| 10.01.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | 2P AULA 5 SEGUNDA PLANTA |
| 23.06.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | 2P AULA 2 SEGUNDA PLANTA |
| 23.06.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | 2P AULA 5 SEGUNDA PLANTA |