Créditos ECTS Créditos ECTS: 6
Horas ECTS Criterios/Memorias Horas de Tutorías: 3 Clase Expositiva: 33 Clase Interactiva: 15 Total: 51
Lenguas de uso Castellano, Gallego
Tipo: Materia Ordinaria Grado RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Zoología, Genética e Antropología Física
Áreas: Genética
Centro Facultad de Ciencias
Convocatoria: Primer semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable
- Conocimiento y comprensión de las tecnologías de análisis genómico y de las herramientas bioinformáticas así como de sus aplicaciones en distintos ámbitos de la sociedad, en el campo de la biomedicina, en la mejora genética en la agricultura y la ganadería, así como en la conservación y gestión de recursos genéticos.
BLOQUE 0: PRESENTACIÓN DE LA ASIGNATURA (1 hora)
1.CONTENIDOS TEÓRICOS (36 horas)
Temario clases expositivas (33 horas): Análise Xenóm. e Bioinf.
BLOQUE 1: ANÁLISIS GENÓMICO (14 horas)
Tema 1: Análisis genómico estructural. Fragmentación de los genomas. Aislamiento de cromosomas. Secuenciación y ensamblado de genomas, de Sanger a las tecnologías NGS (Next Generation Sequencing).
Tema 2: Mapas físicos y mapas genéticos. Marcadores genéticos. Genotipado por secuenciación (GBS). Mapas de alta resolución y análisis de loci asociados a caracteres cuantitativos (QTLs). Análisis de asociación genómica (GWAS). Genómica comparada.
Tema 3: Genómica funcional. Transcriptómica: Microarrays. RNAseq. Metagenómica. Proteómica. Regulómica.
BLOQUE 2: BIOINFORMÁTICA (13 horas)
Tema 4: Bioinformática y bases de datos. Gestión y anotación funcional de secuencias genómicas y transcriptómicas. Predicción de genes.
Tema 5: Alineamiento de secuencias y análisis filogenéticos. Minería genómica. Genómica poblacional y evolutiva.
BLOQUE 3: APLICACIONES DE LA GENÓMICA (6 horas)
Tema 6: Análisis genómico aplicado a la Biomedicina. Medicina de precisión.
Tema 7: Aplicaciones del análisis genómico en agroganadería. Análisis de rasgos de interés productivo y evolutivo. Selección asistida por marcadores. Selección genómica. Edición genética aplicada a la producción.
Tema 8: Aplicación a la conservación y gestión de recursos genéticos. Caracterización de unidades de conservación y gestión. Análisis genómico de variabilidad adaptativa.
Seminarios (3 horas)
Sem. An. Xen. Bio. 1. Cuestiones y problemas relativos al Bloque 1.
Sem. An. Xen. Bio. 2. Cuestiones y problemas relativos al Bloque 2.
Sem. An. Xen. Bio. 3. Cuestiones y problemas relativos al Bloque 3.
2.CONTENIDOS PRÁCTICOS (15 horas)
Clases prácticas (12 horas)
P A Xe Bio Lab F Vet 1 (3 horas). Secuenciación de ADN mediante tecnología Sanger.
P A Xe Bio Lab F AI2 2 (3 horas). Obtención de datos de interés en bases de datos públicas. Gestión y alineamiento múltiple de secuencias (AMS) nucleotídicas.
P A Xe Bio Lab F AI2 3 (3 horas). Análisis filogenéticos de secuencias nucleotídicas.
P A Xe Bio Lab F AI2 4 (3 horas). Introducción a la gestión de datos obtenidos en plataformas de secuenciación de nueva generación.
Tutorías en grupo reducido (3 horas)
Tit. An. Xen. Bio. Se realizarán actividades en grupo reducido (3-4) centrados en cada uno de los tres bloques de teoría.
BIBLIOGRAFÍA BÁSICA
Brown T.A. 2023. Genomes. 5ª Edición. Taylor & Francis Group.
Brown T.A. 2008. Genomas. 3ª Edición. Editorial Médica Panamericana. Buenos Aires.
Gallego J. & Fernández A. 2019. Genómica y Proteómica. Editorial Síntesis. Madrid.
Lesk A.M. 2017. Introduction to genomics. 3ª Edición. Oxford University Press, Oxford.
Lesk A.M. 2019. Introduction to Bioinformatics. 5ª Edición. Oxford University Press, Oxford.
Pierce B.A. 2019. Genetics: a conceptual approach. 7th Ed. WH Freeman.
BIBLIOGRAFÍA COMPLEMENTARIA
Brown S.M. 2013. Next-Generation DNA Sequencing Informatics, 2nd Edition. CSH-Press.
Barnes M.R. 2007. Bioinformatics for Geneticists: A Bioinformatics Primer for the Analysis of Genetic Data, 2nd Edition. Ed. Wiley-Blackwell.
Marco D. 2011. Metagenomics: Current Innovations and Future Trends. Ed. Caister Academic Press
Poptsova M.S. 2014.Genome Analysis: Current Procedures and Applications. Caister Academic Press
Conocimientos:
Con7: Conocer e interpretar la estructura, organización, transmisión, expresión, regulación y evolución del material genético.
Habilidades/destrezas:
H/D05: Utilizar las técnicas adecuadas para el estudio de la estructura y función génica para el desarrollo de aplicaciones biotecnológicas.
H/D06: Analizar y evaluar de forma crítica los marcadores genéticos, moleculares y bioquímicos asociados a las diferentes patologías.
H/D09: Interpretar la información de las principales bases de datos biológicos (genómicos, transcriptómicos, proteómicos, metabolómicos, etc.) y datos bibliográficos, utilizando las herramientas bioinformáticas básicas.
Competencias
Comp01: Desarrollar la capacidad de organizar y planificar adecuadamente el trabajo, partiendo de una síntesis y análisis que permitan tomar decisiones.
Comp04: Actuar con profesionalidad por principios éticos, de rigor científico y de desarrollo sostenible.
- Clases expositivas o magistrales (33 horas): se tratarán los contenidos del programa empleando presentaciones audiovisuales, con la ayuda de anotaciones en el encerado.
- Seminarios (3 horas): El/la profesor/a proporcionará, por medio del Campus virtual y con la antelación suficiente, boletines con cuestiones y problemas no resueltos relacionados con los contenidos del programa. Los/as estudiantes intentarán resolver los boletines antes de las sesiones y de manera autónoma para calibrar sus progresos en la materia. En los seminarios, el/la profesor/a abordará las dudas planteadas por los/as estudiantes.
- Prácticas (12 horas): se tratará experimentalmente, tanto con trabajo en laboratorio como bioinformático, métodos de análisis genómico que complementarán los conceptos desarrollados en las clases teóricas. Incluirán una introducción a la práctica y guiones específicos que detallen los procedimientos a desarrollar en cada sesión bajo la supervisión del profesor/a. Al finalizar las mismas los/las estudiantes discutirán con el/la profesor/a los resultados obtenidos para dar respuesta y entregar las preguntas planteadas en el guion. Los/las estudiantes trabajarán en pareja en el laboratorio y de manera individual en las aulas informáticas.
- Tutorías en grupo reducido (3 horas): se realizarán trabajos en grupo (3-4 estudiantes) de diferentes estudios punteros en el campo de la genómica, donde los/las estudiantes deberán extraer las principales metodologías utilizadas, los resultados obtenidos y las principales conclusiones. Se utilizarán las horas presenciales para la discusión entre los diferentes grupos de sus estudios, para reforzar los conceptos desarrollados en las clases de teoría.
- Como apoyo a la docencia se utilizará de forma continuada como apoyo a la docencia el Campus Virtual de la USC.
Se recuerda al alumnado que tal y como recoge el Artículo 16 de la Normativa de Evaluación del Rendimiento académico de los estudiantes y de revisión de calificaciones, aprobada en Consello de Goberno de 15 de junio de 2011, “La realización fraudulenta de cualquier ejercicio o prueba requerida en la evaluación de una asignatura supondrá la calificación de suspenso en la correspondiente convocatoria, con independencia del proceso disciplinario que se puede seguir contra el estudiante infractor. Se considera fraudulenta, entre otros, la realización de trabajos plagiados u obtenidos de fuentes de acceso público sin reelaboración o reinterpretación y sin citas a los autores y de las fuentes.”
La calificación final será una media ponderada de las calificaciones obtenidas por los/as estudiantes en las diferentes actividades docentes evaluables de acuerdo con el siguiente baremo:
- Examen teórico, representa el 70% de la calificación final (si el/la estudiante aprobó el examen). Examen único presencial en la fecha asignada por el Centro al inicio del Curso Académico. Consistirá en contestar a preguntas tipo test y/o preguntas que requerirán respuestas de mayor o menor extensión y en la resolución de problemas sobre los contenidos teóricos impartidos. Actividad evaluable obligatoria.
Competencias evaluadas: Con7, H/D05, H/D06, H/D09, Comp01
- Clases prácticas, representan el 25% de la calificación final. Se puntuará la asistencia, actitud y respuesta a las preguntas de los guiones de práctica. Actividad evaluable no obligatoria.
Competencias evaluadas: Con7, H/D05, H/D06, H/D09, Comp01, Comp04
- Tutorías en grupo reducido, el trabajo realizado durante estas sesiones representa el 5% de la calificación final. Se valorarán aspectos como la calidad de la información extraída, la capacidad de síntesis y la participación en clase. Actividad evaluable no obligatoria.
Competencias evaluadas: Con7, H/D06, H/D09, Comp01, Comp04
NOTAS ACLARATORIAS:
BAREMO: Para superar la asignatura se debe obtener una nota mínima de 5,0 puntos (escala de 0 a 10) en el examen teórico. Una vez superado el examen (que representa el 70 % de la calificación final), a su calificación se le sumarán las obtenidas en las restantes actividades de la materia con la ponderación descrita. En caso de no alcanzar 5,0 puntos en el examen teórico, la calificación final será exclusivamente la obtenida en el examen teórico.
PRÁCTICAS: Es obligatoria su asistencia para aprobar la asignatura.
CAMBIOS DE GRUPO: En las prácticas, tutorías y seminarios, se podrán realizar cambios de grupo siempre que se encuentre a otro/a estudiante de otro grupo con el que cambiarse. Dichos cambios deberán ser comunicados previamente por e-mail al profesor/a responsable de la actividad.
FECHAS DE EXÁMENES: No se realizarán exámenes en fechas alternativas a las oficiales.
EVALUACIÓN SEGUNDA CONVOCATORIA: Los/las estudiantes deberán realizar el examen, similar al de la 1ª convocatoria. Se conservarán las calificaciones obtenidas en las restantes actividades de la materia.
DISPENSA DE ASISTENCIA A CLASE: será de aplicación para aquellos/as alumnos/as a los/las que se les haya concedido tras solicitarla según indica la instrucción nº 1/2017 de la Secretaría General.
La materia consta de 6 créditos ECTS. El número total de horas de trabajo del estudiante es de 150 horas, de las que el 36,6% son presenciales y el 63,4% son horas de trabajo autónomo del estudiante (no presencial). La distribución detallada del tiempo de trabajo del estudiante es la siguiente:
Trabajo presencial en el aula: 55 h
- Clases magistrales: 33 h
- Seminarios: 3 h
- Prácticas: 12 h
- Tutorías en grupo reducido: 3 h
- Realización de exámenes y revisión: 4 h
Trabajo personal del estudiante: 95 h
- Estudio individual: 84 h
- Elaboración de trabajos: 11h
Se recomienda la asistencia a todas las actividades y plantear las dudas durante el desarrollo de estas.
Estudio continuo basado en la comprensión de los conceptos.
Profundizar en los contenidos presentados en las clases de teoría utilizando la bibliografía recomendada.
Emplear las tutorías para resolver dudas o cuestiones.
Estará operativa un aula virtual en la plataforma Moodle a disposición de los/las estudiantes y canales de comunicación directa a través de MS-teams.
INFORMACIÓN RELEVANTE: Se recuerda que todo el material proporcionado por el profesorado en el aula virtual de la materia está sujeto a derechos de autor y, por tanto, su uso fuera de este espacio se considerará fraudulento al incumplir las condiciones de uso.
Adrian Casanova Chiclana
- Departamento
- Zoología, Genética e Antropología Física
- Área
- Genética
- Correo electrónico
- adrian.casanova [at] usc.es
- Categoría
- Posdoutoral USC_Campus Terra
Manuel Vera Rodriguez
Coordinador/a- Departamento
- Zoología, Genética e Antropología Física
- Área
- Genética
- Teléfono
- 982822426
- Correo electrónico
- manuel.vera [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidad
| Viernes | |||
|---|---|---|---|
| 10:00-11:00 | Grupo /CLE_01 | Castellano | 2P AULA 4 SEGUNDA PLANTA |
| 10.01.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | 2P AULA 2 SEGUNDA PLANTA |
| 10.01.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | 2P AULA 5 SEGUNDA PLANTA |
| 23.06.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | 2P AULA 2 SEGUNDA PLANTA |
| 23.06.2025 10:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | 2P AULA 5 SEGUNDA PLANTA |