Introdución á Bioinformática Médica

A INTRODUCION A BIOINFORMATICA MEDICA é unha materia optativa do Grao de Medicina que ten como obxectivo proporcionar aos alumnos coñecemento sobre o fundamento e usos das ferramentas bioinformáticas co fin de poder obter, organizar, interpretar a información biomédica.

CLASES EXPOSITIVAS

BIOINFORMÁTICA BÁSICA

Tema 1. Introdución á bioinformática.
Tema 2. Manexo de Bases de datos.
Tema 3. Algoritmos de clasificación.
Tema 4. Aliñamentos simples.
Tema 5. Aliñamientos múltiples.

BIOINFORMÁTICA APLICADA

Tema 6. Bioinformática aplicada á análise estructural de DNA, RNA e proteínas
Tema 7. Bioinformática aplicada ao diagnóstico molecular: Identificación de proteínas e microorganismos mediante espectrometría de masas.
Tema 8. Bioinformática aplicada ao diagnóstico molecular: PCR e microarrays.
Tema 9. Bioinformática aplicada ao diagnóstico molecular. Búsqueda de SNPs.
Tema 10. Bioinformática de sistemas. Aplicacións en epidemioloxía e neurofisioloxía.


CLASES INTERACTIVAS DE LABORATORIO

P1. Búsqueda de información e manexo de bibliografía en Biomedicina.
P2. Búsqueda de información en bases de datos I.
P3. Búsqueda de información en bases de datos II.
P4. Aplicación de métodos de clasificación a datos xenómicos.
P5. Aliñamento simple.
P6. Aliñamento múltiple.
P7. Bioquímica in silico. Análise da estructura primaria das proteínas. Motivos repeticións.
P8. Predición de xenes.
P9. Identificación e caracterización de proteínas e microorganismos empleando datos de pegada peptídica e bases de datos especializadas.
P10. Análise estructural 2D/3D de proteínas.
P11. Análise de secuencias de DNA. Deseño de cebadores para PCR. Búsqueda de lugares de restrición.
P12. Análise de microarrays.
P13. Búsqueda de mutacións en bases de datos.
P14. Análise de redes.
P15. Edición de datos para publicación.

BIBLIOGRAFIA BASICA:

- Pevsner, J. (2009): "Bioinformatics and Functional Genomics", Wiley-Blackwell.
- Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F. Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins, John Wiley & Sons, NY, 2001, pp 470. (Disponible en la USC, Facultad de Farmacia).
- Buehler, L.K. and Rashidi, H.H. Bioinformatics basics: applications in biological science and medicine, Taylor & Francis , USA, Boca Raton, Florida, 2005, pp 335. (Disponible en la USC, Facultad de Biología).


BIBLIOGRAFIA COMPLEMENTARIA:

- Lee, J.K. (ed.) (2010): "Statistical Bioinformatics", Wiley-Blackwell.
- Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame (2006). Bioinformatics For Dummies. John Wiley & Sons.

COMPETENCIAS

XERAIS:

- Entender a necesidade de utilizar as ferramentas bioinformáticas en Investigación e Desenvolvemento (I+D) a medicina actual.
- Coñecer ferramentas Estatísticas, Informaticas, Bionformáticas usadas en I+D e en práctica clínica para almacenamento, busqueda, e análises de datos biomédicos.

ESPECIFICAS:

- Aprender a buscar información bibliográfica en medicina.
- Aprender a buscar información en bases de datos información xenómica e proteómica.
- Aprender a facer análises sinxelos comparativos e/ou predictivos de secuencias xenómicas e proteómicas.
- Coñecer nocións sobre análises de redes complexas de corteza cerebral para investigación e desenvolvemento de métodos computacionais de diagnóstico.

A materia será fundamentalmente práctica e basearáse en exemplos da literatura científica recente.
Impartiránse Clases Expositivas (12 horas), Clases Interactivas de Laboratorio (15 horas) e Titorias (3 horas).

SISTEMA DE AVALIACIÓN

A nota final da materia obterase mediante un proceso de avaliación continua. A nota final obterase engadindo a cualificación obtida polo alumno nas clases teóricas (10%), clases interactivas (60%) e a obtida nun exame final de opción múltiple (30%) que consistirá nun exame tipo test multiresposta.

En xeral, por cada hora expositiva e interactiva é conveniente dedicar unha hora máis de traballo persoal do alumno.

Para superar con éxito a materia, é necesario a asistencia ás clases interactivas, e recomendable asistir as clases expositivas.