Introduction to Medical Bioinformatics

La INTRODUCCION A LA BIOINFORMATICA MEDICA es una materia optativa del Grado de Medicina que tiene como objetivo proporcionar a los alumnos conocimiento sobre el fundamento y usos de las herramientas bioinformáticas con el fin de poder obtener, analizar, organizar, e interpretar la información biomédica.

Temario Desarrollado

CLASES EXPOSITIVAS

a) BIOINFOMÁTICA BÁSICA
Tema 1. Introducción a la bioinformática.
Tema 2. Bases de datos.
Tema 3. Búsqueda de información científica.
Tema 4. Gestión de la bibliografía en Biomedicina.
Tema 5. Algoritmos de clasificación.
Tema 6. Alineamientos simples.
Tema 7. Alineamientos múltiples.

B) BIOINFORMÁTICA APLICADA
Temas 8-10. Bioinformática aplicada al análisis estructural de DNA, RNA y proteínas.
Tema 11. Bioinformática aplicada al diagnóstico molecular: Identificación de proteínas y microorganismos mediante espectrometría de masas.
Tema 12. Bioinformática aplicada al diagnóstico molecular: Búsqueda de lugares de restricción. PCR. Búsqueda de mutaciones en bases de datos.


CLASES INTERACTIVAS DE LABORATORIO
P1-P2. Búsqueda de información y manejo de bibliografía en Biomedicina.
P3-P4. Manejo de gestores bibliográficos.
P5-6. Búsqueda de información en bases de datos biológicas.
P7. Bioquímica in silico. Análisis de la estructura primaria de las proteínas. Motivos y repeticiones.
P8. Alineamientos simples. Alineamientos gráficos.
P9. Alineamientos múltiples. Creación de WebLogos.
P10. Predicción de genes.
P11. Identificación y caracterización de proteínas y microorganismos empleando datos de huella peptídica y bases de datos especializadas.
P12. Análisis estructural 2D/3D de proteínas.
P13-14. Análisis de secuencias de DNA y RNA. Diseño de cebadores para PCR. Búsqueda de lugares de restricción.
P15. Tecnología RNA-seq. Búsqueda de mutaciones en bases de datos.

BIBLIOGRAFIA:
- Pevsner, J. (2009): "Bioinformatics and Functional Genomics", Wiley-Blackwell.
-David A. Hendriz. “Applied Bioinformatics” (2018). Disponible en: http://hendrixlab.cgrb.oregonstate.edu/teaching/ab/AB.pdf
- Buehler, L.K. and Rashidi, H.H. “Bioinformatics basics: applications in biological science and medicine”, Taylor & Francis , USA, Boca Raton, Florida, 2005, pp 335. (Disponible en la USC, Facultad de Biología).
-Jing Xiong (2006) “Essential Bioinformatics”. Cambridge University Press.



BIBLIOGRAFIA COMPLEMENTARIA:
- Lee, J.K. (ed.) (2010): "Statistical Bioinformatics", Wiley-Blackwell.
- Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame (2006). Bioinformatics For Dummies. John Wiley & Sons.

GENERALES:
- Entender la necesidad de utilizar las herramientas bioinformáticas en la medicina actual.
- Conocer las herramientas Bioinformáticas habituales empleadas en el manejo de información biomédica.

ESPECIFICAS:
- Aprender a buscar información bibliográfica en Medicina.
-Aprender a utilizar gestores bibliográficos.
- Aprender a buscar y gestionar información contenida en bases de datos de genómica y proteómica.
- Aprender a hacer análisis comparativos y/o predictivos de secuencias genómicas y proteómicas.
-Aprender a usar herramientas simples de diagnóstico molecular.

La materia será fundamentalmente práctica y se basará en ejemplos de la literatura científica.
Se impartirán Clases Expositivas (12 horas), Clases Interactivas de Laboratorio (15 horas) y Tutorias (3 horas).

La calificación final de la materia se obtendrá mediante un proceso de evaluación continua. La nota final se obtendrá sumando la calificación obtenida por el alumno en las clases expositivas (10%), interactivas (60%), y la obtenida en un examen final tipo test (30%) que consistirá en un examen tipo test multirespuesta.

En general, por cada hora expositiva e interactiva es conveniente dedicar una hora más de trabajo personal del alumno.

Para superar con éxito la materia el alumno debe obtener una puntuación mínima de 5.0, puntos de acuerdo con el sistema de puntuación arriba indicado. Para ello es altamente recomendable la asistencia a la mayoría de las cases expositivas e interactivas.