Créditos ECTS Créditos ECTS: 3
Horas ECTS Criterios/Memorias Traballo do Alumno/a ECTS: 51 Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 9 Clase Interactiva: 12 Total: 75
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Bioquímica e Bioloxía Molecular, Química Orgánica, Departamento externo vinculado ás titulacións
Áreas: Bioquímica e Bioloxía Molecular, Química Orgánica, Área externa M.U en Investigación Biomédica (2ª ed)
Centro Facultade de Medicina e Odontoloxía
Convocatoria: Primeiro semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable | 1ro curso (Si)
Coñecer as técnicas de análise de proteínas a nivel molecular, en particular as relacionadas coa súa identificación (proteómica) e coa determinación da súa estrutura tridimensional (cristalografía de raios X e espectroscopía de RMN). Salientarase o gran potencial destas técnicas no eido da biomedicina, presentándose exemplos de aplicacións. O obxectivo fundamental da materia é que o alumnado se converta en “usuario intelixente” destas técnicas, é dicir, que saiban que tipo de cuestións se poden resolver con elas no contexto da investigación biomédica.
PRIMEIRA PARTE: PROTEÓMICA
CLASES EXPOSITIVAS (4.5 horas).
Tema 1. Introdución á Proteómica. Definición de Proteoma e Proteómica. Obxectivos da Proteómica. Conceptos. Aplicacións. 1 hora.
Tema 2. Deseño experimental. Factores importantes a ter en conta antes de iniciar un estudio proteómico. Fase preanalítica: tipos de mostras, complexidade, rango dinámico, adecuación, variabilidade biolóxica e factores fisiolóxicos, patolóxicos e iatroxénicos que lle afectan, variabilidade técnica e fraccionamento/prefraccionamento. Fase analítica. Fase postanalítica. Tipos de erros. 3.5 horas.
SEMINARIOS (10 horas): aproximacións metodolóxicas en Proteómica e cuestións prácticas.
Seminario 1 (2h). Estratexias proteómicas baseadas en xeles (técnicas proteómicas clásicas). Electroforese. Fundamento e tipos. Electroforese bidimensional. Primeira dimensión: isoelectroenfoque. Segunda dimensión: SDS-PAGE. Aplicacións. Problemas. Métodos de tinguido. Visualización de modificacións postraduccionais. Análise de imaxe. Bases de datos.
Seminario 2 (8h). Estratexias proteómicas non baseadas en xeles (técnicas proteómicas máis modernas). Cromatografía bidimensional (MudPit, “shot gun” proteomics). A espectrometría de masas (MS) como técnica chave para a investigación proteómica. Principios básicos da MS. Métodos de ionización. Analizadores de masa e espectrómetros de masa. Análise e interpretación de datos de MS e proteómicos. Análise de datos de MS/Huella peptídica (PMF). Análise de datos de MS/MS. Cuantificación. Exercicios prácticos que consistirán na identificación e caracterización de proteínas mediante MS (PMF) e MS/MS (PFF).
SEGUNDA PARTE: DETERMINACIÓN ESTRUTURAL DE PROTEÍNAS
CLASES EXPOSITIVAS (4.5 horas): técnicas de determinación estrutural de proteínas.
Tema 3. Estrutura tridimensional das proteínas. Xeneralidades. Expresión e purificación de proteínas para determinación estrutural. 0.5 horas.
Tema 4. Determinación estrutural mediante cristalografía de raios X. Cristalización. Difracción. Resolución de estruturas. 2 horas.
Tema 5. Determinación estrutural mediante resonancia magnética nuclear (RMN). Espectros de RMN. Marcaxe isotópica. Interpretación de espectros e cálculo de estruturas. Estudio de interaccións proteína/proteína e proteína/ligando. 2 horas.
SEMINARIOS (2 horas): discusión de artigos de investigación e protocolos experimentais.
Bibliografía básica
Corrales, F., Calvete, J.J. eds., 2014. Manual de proteómica. Valencia: Sociedad Española de Proteómica.
Issaq, H.J. e Veenstra, T.D. eds., 2020. Proteomic and metabolomic approaches to biomarker discovery. 2nd ed. [en liña] San Diego: Academic Press. Dispoñible en https://biblioteca-usc.gal/
Lovrik, J., 2011. Introducting Proteomics: from concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis. 1st ed. Hoboken: Wiley-Blackwell.
Liebler, D.C., 2002. Introduction to proteomics: tools for the new biology. 1st ed. Totowa: Humana Press
Veenstra, T.D. e Iates, J.R. eds., 2019. Proteomics for biological discovery. 2nd ed. Hoboken: Wiley-Blackwell.
Cavanagh, J., Fairbrother, W.J., Palmer III, A.G., Skelton, N.J., Rance, M., 2006. Protein NMR spectroscopy: principles and practice. 2nd ed. Amsterdam; Boston: Academic Press.
Rhodes, G., 2006. Crystallography made crystal clear: a guide for users of macromolecular models. 3rd ed. Amsterdam; Boston: Elsevier/Academic Press.
Bibliografía complementaria
Expasy: http://www.expasy.org
Human Proteome Map: http://www.humanproteomemap.org/
ProteomicsDB: http://www.proteomicsdb.org/
A. Wlodawer, W. Minor, Z. Dauter, M. Jaskolski. “Protein crystallography for non-crystallographers, or how to get the best (but not more) from published macromolecular structures.” FEBS Journal 2007, 275, 1–21.
A. H. Kwan, M. Mobli, P. R. Gooley, G. F. King, J. P. Mackay. “Macromolecular NMR spectroscopy for the non-spectroscopist.” FEBS Journal 2011, 278, 687–703.
BÁSICAS E XERAIS.
CG1 - Saber aplicar as técnicas axeitadas para a resolución dun problema concreto de Biomedicina, e poder levar a cabo un proxecto de investigación na materia baixo supervisión, non soamente nos temas cubertos polas materias, senón en contextos máis amplos ou mesmo multidisciplinares.
CG2 - Poder emitir xuízos sobre hipóteses, propostas experimentais ou experimentos xa realizados do campo da investigación biomédica, tanto sobre a validez científica como sobre aspectos éticos e sociais do axuizado.
CG3 - Ser capaz de traballar en equipo nun ambiente multidisciplinar para conseguir obxectivos comúns desde perspectivas diferenciadas.
CG4 - Ser capaz de comunicar as súas propostas, experimentos, resultados, conclusións e críticas tanto ante públicos especializados como non especializados.
CG5 - Posuír as habilidades de aprendizaxe necesarias para manterse ao día no campo da investigación biomédica e as súas técnicas de forma autónoma.
TRANSVERSAIS
T01 - Resolución de problemas
T02 – Técnicas de aprendizaxe autónomo
T03 - Razoamento crítico
T04 - Dominio de idiomas estranxeiros
ESPECÍFICAS
CE2 - Coñecer a anatomía do xenoma, a información obtida polo proxecto xenoma humano, a distribución de alelos nas poboacións humanas e as técnicas usadas para estudar o xenoma
CE3 - Desenvolver a habilidade de entender as alteracións e identificar posibles puntos de intervención terapéutica de calquera enfermidade que se poida atopar como obxecto de estudo na súa carreira profesional
CE5 - Ser capaz de deseñar experimentos no campo da Biomedicina, aplicando as técnicas adecuadas para responder á pregunta pertinente.
CE6 - Desenvolver habilidade práctica no laboratorio de Biomedicina. Ser capaz de seguir un protocolo experimental de forma autónoma.
Clases teóricas (expositivas).
O profesorado explicará os contidos da materia, incluíndo pautas para o uso da bibliografía e para resolver problemas. O material didáctico estará a disposición do alumnado no campus virtual.
Seminarios.
A asistencia é obrigatorios. Resolveranse aplicacións da teoría e poranse exemplos con ferramentas de bioinformática. Estas clases desenvolveranse ben na aula de informática ou ben cos ordenadores dos estudantes. Nas clases interactivas discutiranse tamén artigos de investigación. En todos os casos será fundamental a participación do alumnado.
Titorías.
O alumnado poderá consultar as súas dúbidas nas titorías.
Proba final.
Será obrigatoria e podería ser presencial.
Traballo autónomo do estudante.
Exercicios propostos en clase que deberán ser resoltos de maneira individual e entregadas en prazo por todos os alumnos (actividade obrigatoria e avaliable). O seguimento destas actividades de avaliación continua farase mediante a entrega periódica, os seminarios e as titorías.
Campus Virtual (Moodle). Manterase activa unha aula virtual na que o profesorado proporcionará os materiais didácticos, cuestionarios en liña, anuncios, etc. Tamén se empregará para a entrega das tarefas dos alumnos, así como para a realización de probas de avaliación continua e final no seu caso.
Plataforma Microsoft TEAMS. Empregarase para as titorías se fose preciso, e en xeral para comunicacións de voz e vídeo entre os estudantes e o profesorado.
Criterio xeral.
A avaliación será igual para todos os alumnos nas dúas oportunidades. A cualificación final será o promedio ponderado entre a avaliación continua e a proba final, cos seguintes valores: 40% continua e 60% proba final.
Criterios específicos da avaliación.
AVALIACIÓN CONTINUA (40% da nota). A avaliación continua terá en conta a asistencia e participación activa nas clases, así como a entrega e/ou presentación de traballos individuais e grupais. Competencias avaliadas: todas.
PROBA FINAL (60% da nota). A proba final cubrirá todos os aspectos relacionados cos contidos da materia. A nota da avaliación continua soamente será sumada a da proba final se se supera un 40% da nota máxima correspondente á proba final. Competencias avaliadas: todas.
Horas presenciais: 24 h
Horas de traballo autónomo: 24 h x 2 (factor de traballo alumnado) = 48 h
Total: 72 h
Recoméndase a asistencia e participación en clase, así como o estudo da materia de xeito continuado e o uso do material bibliográfico.
É aconsellable que o alumnado teña coñecementos previos de Bioquímica e Química.
IMPORTANTE: Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas será de aplicación o recolleito na "Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión de cualificacións".
Queda terminantemente prohibida a distribución, por calquera medio e sen consentimento dos profesores, de calquera material docente, independentemente de se fose proporcionado pola aula virtual ou por outros medios.
Francisco Javier Salgado Castro
- Departamento
- Bioquímica e Bioloxía Molecular
- Área
- Bioquímica e Bioloxía Molecular
- Teléfono
- 881816928
- Correo electrónico
- franciscojavier.salgado [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
Susana Belen Bravo Lopez
- Departamento
- Departamento externo vinculado ás titulacións
- Área
- Área externa M.U en Xenómica e Xenética
- Correo electrónico
- susanabelen.bravo [at] usc.es
- Categoría
- Profesional área externa_máx. 30 h
Victor Manuel Sanchez Pedregal
- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Teléfono
- 881814221
- Correo electrónico
- victor.pedregal [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
| Martes | |||
|---|---|---|---|
| 10:30-12:30 | Grupo /CLE_01 | Castelán | R.N.S.-Aula 10 |