Créditos ECTS Créditos ECTS: 6
Horas ECTS Criterios/Memorias Horas de Titorías: 3 Clase Expositiva: 27 Clase Interactiva: 21 Total: 51
Linguas de uso Castelán, Galego
Tipo: Materia Ordinaria Grao RD 1393/2007 - 822/2021
Departamentos: Química Orgánica, Matemáticas
Áreas: Química Orgánica, Xeometría e Topoloxía
Centro Facultade de Bioloxía
Convocatoria: Primeiro semestre
Docencia: Con docencia
Matrícula: Matriculable
- Acceder e manexar a información contida nas principais bases de datos en bioinformática.
- Saber analizar e manexar secuencias de nucleótidos e aminoácidos.
- Saber realizar aliñamentos, ensamblaxes e relacións de filogenia entre secuencias.
- Coñecer e saber utilizar os métodos de análises de expresión génica.
- Utilizar as ferramentas bioinformáticas para a análise estrutural e funcional de moléculas
Bases de datos (5 CLE)
Acceso e manexo da información contida nas principais bases de datos “ ómicos” (xenómicos, transcriptómicos, proteómicos, epigenómicos), de expresión génica, etc.
Análise e manexo de secuencias (5 CLE)
Algoritmos e programas de aliñamento de secuencias de nucleótidos e de proteinas. aliñamento de xenomas, aliñamento de lecturas fronte a un xenoma, etc. Ideas de ensamblado de xenomas. Diferentes métodos para a reconstrución de árbores e redes filogenéticas mediante o uso de secuencias de ADN.
Análise de datos de expresión génica. (5 CLE)
Os diferentas tipos de datos existentes ( Microarrays, RNA- Seq, etc). Algúns dos métodos e programas estatísticos máis utilizados para a súa análise. Xeración de listas de xenes con expresión diferencial.
Bioinformática funcional. (5 CLE)
Análise de pathways e redes génicas. O uso dos termos GO para a análise funcional. Utilización de ferramentas bioinformáticas deseñadas para iso.
Bioinformática estrutural (10 CLE)
Principios básicos de estrutura de biomoléculas. Análise de estrutura de proteínas. Clasificación estrutural de proteínas: Bases de datos. Nocións elementais de modelización molecular. Predición da estrutura de proteínas. Deseño de fármacos por computador
Temario doutras actividades (prácticas, seminarios, titorías, etc)
Análise e manexo de secuencias de nucleótidos e proteínas (8 CLIL)
Práctica 1: Obtención de datos de diferentes tipos a partir de bases bioinformáticas. Almacenamento e edición dos mesmos cun software de manexo de texto plano.
Práctica 2 Utilización dun programa de aliñamento múltiple e reconstrución filogenética
Análise de datos de expresión génica e Bioinformática funcional (8 CLIL)
Práctica 3 Manexo dun software estatístico adecuado para as análises de expresión génica e xeración de listas de xenes expresados de maneira diferencial.
Práctica 4 Acceso ás ferramentas básicas de análises de pathways e análise funcional.
Práctica 5 Análise enriquecida de expresión génica e procuras de termos GO
Bioinformática estrutural (4 CLIL)
Práctica 6.- Construción e visualización de moléculas por computador.
Práctica 7.- Introdución á simulación computacional enfocada ao deseño de fármacos.
-Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition. Jonathan Pevsner, October 2015 Wiley-Blackwell
-Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor. Editors Robert GentlemanVincent J. CareyWolfgang HuberRafael A. IrizarrySandrine Dudoit 2005 Springer (recurso online de la BUSC)
-Analysis of Phylogenetics and Evolution with R, Paradis, Emmanuel 2012 Springer (recurso online de la BUSC)
-Molecular Modelling. Principles and Applications (Ed Pearson Education, 2001), Andrew R. Leach
-Introduction to Computational Chemistry (Ed Wiley), Frank Jensen.
-http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial
-http://vina.scripps.edu/manual.html
-Material depositado na aula virtual.
Coñecementos:: Con02 y Con04.
Habilidades/Destrezas: H/D02, H/D10 y H/D13
Competencias: Comp03 y Comp05
A docencia expositiva será presencial, de asistencia obrigatoria e consistirá na impartición de clases maxistrais
A docencia interactiva será presencial, de asistencia obrigatoria e consistirá en prácticas en aula de informática.
As titorías en grupos reducidos serán presenciais e dedicaranse á resolución de dúbidas.
A cualificación final de materia obterase mediante avaliación continua (50%) e exame final (50%)
Para a avaliación continua, valorarase a realización de traballos por parte dos estudantes. No caso en que a avaliación continua fose suficientemente satisfactoria, podería substituír ao exame final.
Na segunda oportunidade, empregarase o mesmo sistema de avaliación: presentación de traballos e exame final.
Tanto a exposición dos traballos como o exame final serán presenciais.
Tanto na avaliación continua como no exame final avaliaranse as seguintes competencias, habilidades e coñecementos:
Comp02, Comp04, H/D02, H/D10, HD13, Con02 e Con04
Advertencia. Para os casos de realización fraudulenta de exercicios ou probas (plaxios ou uso indebido das tecnoloxías) será de aplicación o recolleito na “Normativa de avaliación do rendemento académico dous estudantes e de revisión de cualificacións”.
Tempo de estudo e traballo persoal
TRABALLO PRESENCIAL NA aula
Clases expositivas (CLE): 30 horas
Clases interactivas de laboratorio (CLIL): 20 horas
Titorías en grupo (TI): 2 horas
Exame: 2
TRABALLO PERSOAL DO ESTUDANTE
Estudo autónomo individual ou en grupo: 51 horas
Resolución de exercicios, redacción de conclusións ou outros traballos: 15 horas
Programación / experimentación ou outros traballos en ordenador/aboratorio: 30 horas
Antonio M. Gómez Tato
Coordinador/a- Departamento
- Matemáticas
- Área
- Xeometría e Topoloxía
- Teléfono
- 881813151
- Correo electrónico
- antonio.gomez.tato [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
Rebeca Garcia Fandiño
- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Correo electrónico
- rebeca.garcia.fandino [at] usc.es
- Categoría
- Profesor/a: Titular de Universidade
Alejandro Seco Gonzalez
- Departamento
- Química Orgánica
- Área
- Química Orgánica
- Correo electrónico
- alejandro.seco.gonzalez [at] usc.es
- Categoría
- Predoutoral USC
| Luns | |||
|---|---|---|---|
| 12:00-13:00 | Grupo /CLE_01 | Castelán | Aula 08. Louis Pasteur |
| Martes | |||
| 12:00-13:00 | Grupo /CLE_01 | Castelán | Aula 08. Louis Pasteur |
| Mércores | |||
| 13:00-14:00 | Grupo /CLE_01 | Castelán | Aula 08. Louis Pasteur |
| 22.01.2025 10:00-20:00 | Grupo /CLE_01 | Aula 04: James Watson e Francis Crick |
| 30.06.2025 10:00-20:00 | Grupo /CLE_01 | Aula 03. Carl Linneo |