Comparativa de algoritmos de optimización global para estimación de parámetros en redes bioquímicas.
Autoría
A.P.R.
Máster Universitario en Matemática Industrial
A.P.R.
Máster Universitario en Matemática Industrial
Fecha de la defensa
24.01.2025 10:00
24.01.2025 10:00
Resumen
Este estudio evalúa el rendimiento de varios algoritmos de optimización global para estimación de parámetros en redes bioquímicas, una importante tarea en Biología Computacional de Sistemas. Se han comparado métodos deterministas y estocásticos a partir de un conjunto de problemas de optimización estándar y cuatro problemas referentes en el ámbito de la Biología de Sistemas (el conjunto de problemas BioPreDyn). El objetivo es identidicar el método más efectivo y fiable para abordar los problemas de optimización no convexa que surgen frecuentemente en este campo. El descubrimiento más importante del trabajo es que, de entre las metaheurísticas comparadas, el método más fiable a la hora de abordar problemas de optimización relativos a la Biología de Sistemas ha sido el método de “enhanced Scatter Search” (eSS). Aunque ningún algoritmo ha sobresalido en todos los casos, eSS logró la mayor reducción en el valor de la función objetivo de manera consistente y demostró ser el método más robusto. Los métodos deterministas resultaron inadecuados para problemas de gran escala, lo que destaca su limitación en este tipo de contextos. El estudio subraya la importancia de escoger adecuadamente los algoritmos con que resolver el problema de estimación de parámetros en redes bioquímicas. Además, enfatiza la eficacia de ciertas metaheurísticas al abordar los problemas de optimización complejos que surgen en la Biología de Sistemas.
Este estudio evalúa el rendimiento de varios algoritmos de optimización global para estimación de parámetros en redes bioquímicas, una importante tarea en Biología Computacional de Sistemas. Se han comparado métodos deterministas y estocásticos a partir de un conjunto de problemas de optimización estándar y cuatro problemas referentes en el ámbito de la Biología de Sistemas (el conjunto de problemas BioPreDyn). El objetivo es identidicar el método más efectivo y fiable para abordar los problemas de optimización no convexa que surgen frecuentemente en este campo. El descubrimiento más importante del trabajo es que, de entre las metaheurísticas comparadas, el método más fiable a la hora de abordar problemas de optimización relativos a la Biología de Sistemas ha sido el método de “enhanced Scatter Search” (eSS). Aunque ningún algoritmo ha sobresalido en todos los casos, eSS logró la mayor reducción en el valor de la función objetivo de manera consistente y demostró ser el método más robusto. Los métodos deterministas resultaron inadecuados para problemas de gran escala, lo que destaca su limitación en este tipo de contextos. El estudio subraya la importancia de escoger adecuadamente los algoritmos con que resolver el problema de estimación de parámetros en redes bioquímicas. Además, enfatiza la eficacia de ciertas metaheurísticas al abordar los problemas de optimización complejos que surgen en la Biología de Sistemas.
Dirección
López Pouso, Óscar (Tutoría)
López Pouso, Óscar (Tutoría)
Tribunal
VAZQUEZ CENDON, MARIA ELENA (Coordinador)
VAZQUEZ CENDON, MARIA ELENA (Presidente/a)
Carretero Cerrajero, Manuel (Secretario/a)
ARREGUI ALVAREZ, IÑIGO (Vocal)
VAZQUEZ CENDON, MARIA ELENA (Coordinador)
VAZQUEZ CENDON, MARIA ELENA (Presidente/a)
Carretero Cerrajero, Manuel (Secretario/a)
ARREGUI ALVAREZ, IÑIGO (Vocal)