Bioinformatics

- Acceder y manejar la información contenida en las principales bases de datos en bioinformática.
- Saber analizar y manejar secuencias de nucleótidos y aminoácidos.
- Saber realizar alineamientos, ensamblajes y relaciones de filogenia entre secuencias.
- Conocer y saber utilizar los métodos de análisis de expresión génica.
- Utilizar las herramientas bioinformáticas para el análisis estructural y funcional de moléculas

Bases de datos (5 CLE)
Acceso y manejo de la información contenida en los principales bases de datos “ómicos” (genómicos, transcriptómicos, proteómicos, epigenómicos), de expresión génica, etc.

Análisis y manejo de secuencias (5 CLE)
Algoritmos y programas de alineamiento de secuencias de nucleótidos y de proteinas. alineamiento de genomas, alineamiento de lecturas frente a un genoma, etc. Ideas de ensamblado de genomas. Diferentes métodos para la reconstrucción de árboles y redes filogenéticas mediante el uso de secuencias de ADN.

Análisis de datos de expresión génica (5 CLE).
Los diferentas tipos de datos existentes (Microarrays, RNA-Seq, etc). Algunos de los métodos y programas estadísticos más utilizados para su análisis. Generación de listas de genes con expresión diferencial.

Bioinformática funcional. (5 CLE)
Análisis de pathways y redes génicas. El uso de los términos GO para el análisis funcional. Utilización de herramientas bioinformáticas diseñadas para ello.

Bioinformática estructural (10 CLE)
Principios básicos de estructura de biomoléculas. Análisis de estructura de proteínas. Clasificación estructural de proteínas: Bases de datos. Nociones elementales de modelización molecular. Predicción de la estructura de proteínas. Diseño de fármacos por ordenador


Temario de otras actividades (prácticas, seminarios, tutorías, etc)

Análisis y manejo de secuencias de nucleótidos y proteínas (8 CLIL)
Práctica 1: Obtención de datos de diferentes tipos a partir de bases bioinformáticas. Almacenamiento y edición de los mismos con un software de manejo de texto plano.

Práctica 2 Utilización de un programa de alineamiento múltiple y reconstrucción filogenética

Análisis de datos de expresión génica y Bioinformática funcional (8 CILL)
Práctica 3 Manejo de un software estadístico adecuado para los análisis de expresión génica y generación de listas de genes expresados de manera diferencial.

Práctica 4 Acceso a las herramientas básicas de análisis de pathways y análisis funcional.

Práctica 5 Análisis enriquecido de expresión génica y búsquedas de términos GO

Bioinformática estructural (4 CLIL)
Práctica 6.- Construcción y visualización de moléculas por ordenador.
Práctica 7.- Introducción a la simulación computacional enfocada al diseño de fármacos.

-Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition. Jonathan Pevsner, October 2015 Wiley-Blackwell

-Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor. Editors Robert GentlemanVincent J. CareyWolfgang HuberRafael A. IrizarrySandrine Dudoit 2005 Springer (recurso online de la BUSC)

-Analysis of Phylogenetics and Evolution with R, Paradis, Emmanuel 2012 Springer (recurso online de la BUSC)

-Molecular Modelling. Principles and Applications (Ed Pearson Education, 2001), Andrew R. Leach

-Introduction to Computational Chemistry (Ed Wiley), Frank Jensen.

-http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial

-http://vina.scripps.edu/manual.html

-Material depositado en el aula virtual.

Conocimientos: Con02 y Con04.
Habilidades/Destrezas: H/D02, H/D10 y H/D13
Competencias: Comp03 y Comp05

La docencia expositiva será presencial, de asistencia obligatoria y consistirá en la impartición de clases magistrales

La docencia interactiva será presencial, de asistencia obligatoria y consistirá en prácticas en aula de informática.

Las tutorías en grupos reducidos serán presenciales y se dedicarán a la resolución de dudas.

La calificación final de materia se obtendrá mediante evaluación continua (50%) y examen final (50%)

Para la evaluación continua, se valorará la realización de trabajos por parte de los estudiantes. En el caso en que la evaluación continua fuese suficientemente satisfactoria, podría substituir al examen final.

En la segunda oportunidad, se empleará el mismo sistema de evaluación: presentación de trabajos y examen final.



Tanto la exposición de los trabajos como el examen final serán presenciales.

Tanto en la evaluación continua como en el examen final se evaluarán las siguiente competencias, habilidades y conocimientos:

Comp02, Comp04, H/D02, H/D10, HD13 Con02 y Con04.


Advertencia. Para los casos de realización fraudulenta de ejercicios o pruebas (plagios o uso indebido de las tecnologías) será de aplicación el recogido en la “Normativa de evaluación del rendimiento académico dos estudiantes y de revisión de cualificaciones”.

Tiempo de estudio y trabajo personal
TRABAJO PRESENCIAL EN EL AULA

Clases expositivas (CLE): 30 horas
Clases interactivas de laboratorio (CLIL): 20 horas
Tutorías en grupo (TI): 2 horas
Examen: 2



TRABAJO PERSONAL DEL ESTUDIANTE

Estudio autónomo individual o en grupo: 51 horas
Resolución de ejercicios, redacción de conclusiones u otros trabajos: 15 horas
Programación / experimentación u otros trabajos en ordenador/laboratorio: 30 horas