Bioinformática

Introducir ao alumno no manexo de ferramentas bioinformáticas, en particular algunhas das que se usarán nas diferentes materias do master.

1. Bases de datos
Acceso y manejo de la información contenida en los principales bases de datos “ómicos” (genómicos, transcriptómicos, proteómicos, epigenómicos), de expresión génica, etc.

2. Análisis y manejo de secuencias
Algoritmos y programas de alineamiento de secuencias de nucleótidos y de proteinas. Alineamiento de genomas, alineamiento de lecturas frente a un genoma, etc. Ideas de ensamblado de genomas. Diferentes métodos para la reconstrucción de árboles y redes filogenéticas mediante el uso de secuencias de ADN.

3. Bioinformática funcional.

4. Análisis de pathways y redes génicas. El uso de los términos GO para el análisis funcional. Utilización de herramientas bioinformáticas diseñadas para ello.

Deonier, R. C., Tavaré, S. & Waterman, M. S., Computational Genome Analysis, An introducction, Springer, 2005, USA
Salemi, M. & Vandamme A. (Ed.) The Phylogenetic Handbook, Cambridge University Press, 2003, UK.
Stekel, Dov, Microarray Bioinformatics, Cambridge University Press, 2003, UK.

En particular, o alumno ao finalizar o curso saberá:
1. Utilizar BLAST para procura de secuencias en bases de datos, aliñalas con CLUSTAL e (no seu caso) facer unha análise filogenético das mesmas.
2. Utilizar as bases de datos GO e KEGG para facer anotación funcional.

A docencia expositiva e interactiva será presencial e complementarase co curso virtual da materia.
As titorías serán presenciais.

Un aprobado final realizada por medios telemáticos.

Advertencia. Para os casos de realización fraudulenta dos test ou probas (plaxios ou uso indebido das tecnoloxías) será de aplicación o recollido na Normativa de avaliación do rendemento académico dos estudantes e de revisión de cualificacións.

tres horas semanais